Η ΜΟΔ διοικείται από 9μελές  Διοικητικό Συμβούλιο τριετούς θητείας.

Η Κεντρική Υπηρεσία της ΜΟΔ εδρεύει στην Αθήνα και αποτελείται από τις παρακάτω υπηρεσίες:

• Γενικός Διευθυντής 
• Γραμματεία Διοίκησης
• Υπηρεσία Νομικής Υποστήριξης
• Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου
• Τμήμα Μεθοδολογίας, Σχεδιασμού Εσωτερικών Ελέγχων & Συμβουλευτικών Υπηρεσιών
• Τμήμα Διενέργειας Εσωτερικών Ελέγχων
• Υπεύθυνος Ασφάλειας Προσωπικών Δεδομένων (DPO)
• Υπεύθυνος Ποιότητας

•  Τμήμα Υποστήριξης Προγραμματισμού & Επικοινωνίας (ΤΥΠΕ)

• Διεύθυνση Διαχειριστικών & Υποστηρικτικών Υπηρεσιών
• Ομάδα Υποστήριξης Δικαιούχων σε Νησιωτικές & Απομακρυσμένες Περιοχές
• Ομάδα Υποστήριξης Δικαιούχων σε Ορεινές και Μειονεκτικές περιοχές
• Ομάδα Υποστήριξης Δράσεων για Ευπαθείς Ομάδες Πληθυσμού και Δικαιούχων του Ευρωπαϊκού Κοινωνικού Ταμείου
• Ομάδα Τεχνικής Υποστήριξης Περιβάλλοντος 
• Ομάδα Υποστήριξης Παρεμβάσεων Κρατικών Ενισχύσεων
• Ομάδα Υποστήριξης για τη Δίκαιη Αναπτυξιακή Μετάβαση στη Μεταλιγνιτική Εποχή (ΣΔΑΜ)
• Ομάδα Υποστήριξης για το Πράσινο Ταμείο

• Διεύθυνση Εφαρμογών Πληροφορικής και Ψηφιακής  Τεχνολογίας
• Τμήμα Υποστήριξης Ηλεκτρονικών Υποδομών και Δικτύων
• Τμήμα Διαχείρισης και Υποστήριξης Πληροφοριακού Κέντρου και Υπολογιστικού Νέφους (Cloud)
• Τμήμα Υποστήριξης Εφαρμογών Διαδικτύου
• Τμήμα Ανάπτυξης και Υποστήριξης του Πληροφοριακού Συστήματος Κρατικών Ενισχύσεων (ΠΣΚΕ)
• Ομάδα Υποστήριξης Εφαρμογών Πληροφορικής του Ολοκληρωμένου Πληροφοριακού Συστήματος (ΟΠΣ)

• Διεύθυνση Οικονομικών και Διοικητικών Υπηρεσιών
• Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης
• Τμήμα Διοικητικής Διαχείρισης
• Τμήμα Διαχείρισης Τεχνικής Βοήθειας

• Διεύθυνση Προμηθειών

• Διεύθυνση Τεχνικής Υπηρεσίας (ΔΤΥ)
• Τμήμα Μελετών Τεχνικών Έργων
• Τμήμα Μελετών Ειδικών Έργων
• Τμήμα Εκτέλεσης Τεχνικών Έργων

• Διεύθυνση Υπηρεσιών Διοίκησης και Ανάπτυξης Ανθρώπινου Δυναμικού
• Τμήμα Υπηρεσιών Στελέχωσης και Διοίκησης Ανθρώπινου Δυναμικού
• Τμήμα Εκπαίδευσης και Ανάπτυξης Ανθρώπινου
  Δυναμικού

• Διεύθυνση Υπηρεσιών Σχεδιασμού και Οργάνωσης
•  Τμήμα Μελετών