Η ΜΟΔ διοικείται από 9μελές  Διοικητικό Συμβούλιο τριετούς θητείας.

Η Κεντρική Υπηρεσία της ΜΟΔ εδρεύει στην Αθήνα και αποτελείται από τις παρακάτω υπηρεσίες:

• Γενικός Διευθυντής 
• Γραμματεία Διοίκησης
• Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου
  
• Διεύθυνση Τεχνικής Υπηρεσίας (ΔΤΥ)
• Τμήμα Εκτέλεσης Τεχνικών Έργων
• Τμήμα Μελετών Τεχνικών Έργων
  
• Τμήμα Υποστήριξης Προγραμματισμού & Επικοινωνίας (ΤΥΠΕ)
  
• Τομέας Διαχειριστικών & Υποστηρικτικών Υπηρεσιών (ΤΔΥΥ)
  
  • Ομάδα Υποστήριξης Δικαιούχων σε Νησιωτικές & Απομακρυσμένες Περιοχές
  • Ομάδα Υποστήριξης Δικαιούχων ΕΣΠΑ
  • Ομάδα Υποστήριξης Δικαιούχων σε Δράσεις του Ευρωπαϊκού Κοινωνικού Ταμείου
  • Ομάδα Υποστήριξης Δράσεων Ειδικών Ομάδων Πληθυσμού
  • Μονάδα Τεχνικής Υποστήριξης Περιβάλλοντος 
  • Ομάδα Υποστήριξης Διαδικασιών Αναπτυξιακών Νόμων
  • Ομάδα Υποστήριξης για το Σχέδιο Δίκαιης Αναπτυξιακής Μετάβασης στη Μεταλιγνιτική Εποχή (ΣΔΑΜ)
  • Ομάδα υποστήριξης για τις δράσεις του Πράσινου Ταμείου
    
• Τομέας Εφαρμογών Πληροφορικής και Ψηφιακής  Τεχνολογίας (ΤΕΠΨΤ)
• Ομάδα Υποστήριξης Εφαρμογών Πληροφορικής του Ολοκληρωμένου Πληροφοριακού Συστήματος (ΟΠΣ)
  
• Τομέας Οικονομικών και Διοικητικών Υπηρεσιών (ΤΟΔΥ) που  περιλαμβάνει:
• Τμήμα Οικονομικού
• Τμήμα Διοικητικού
• Τμήμα Τεχνικής Βοήθειας
  
• Τομέας Υπηρεσιών Διοίκησης / Ανάπτυξης Ανθρώπινου Δυναμικού (ΤΥΔΑΑΔ)
  
• Τομέας Υπηρεσιών Σχεδιασμού και Οργάνωσης (ΤΥΣΟ)
  
• Υπεύθυνος Διαχείρισης Ποιότητας