Η ΜΟΔ διοικείται από 9μελές  Διοικητικό Συμβούλιο τριετούς θητείας.

Ανώτατο εκτελεστικό όργανο της Εταιρείας  είναι ο Γενικός Διευθυντής.

Η ΜΟΔ συγκροτείται από:

• την Κεντρική Υπηρεσία
• τις Ομάδες Υποστήριξης Δικαιούχων, οι οποίες συγκροτούνται για την παροχή συμβουλευτικής, διαχειριστικής και τεχνικής υποστήριξης σε φορείς που διαχειρίζονται και υλοποιούν έργα συγχρηματοδοτούμενα από την Ευρωπαϊκή Ένωση.