Η ΜΟΔ διοικείται από 9μελές Διοικητικό Συμβούλιο τριετούς θητείας.
Η Κεντρική Υπηρεσία της ΜΟΔ εδρεύει στην Αθήνα και αποτελείται από τις παρακάτω υπηρεσίες:
- Διεύθυνση Προμηθειών
- Τμήμα Προμηθειών και Υπηρεσιών
- Τμήμα Ανάπτυξης Κτιριακών Υποδομών και Υλικοτεχνικής Υποδομής