Μια βασική αρμοδιότητα της ΜΟΔ είναι να υποστηρίζει τις αρμόδιες υπηρεσίες και φορείς σε θέματα διοικητικής και λειτουργικής οργάνωσης. Αναλυτικότερα η ΜΟΔ:

Α. Εκπονεί μελέτες λειτουργικής επισκόπησης φορέων με στόχο τη διατύπωση εναλλακτικών βελτιωτικών προτάσεων έτσι ώστε να ανταποκρίνονται με τον καλύτερο τρόπο στις απαιτήσεις της λειτουργίας τους.

Β. Αποτυπώνει την οργανωτική δομή φορέων με χαρτογράφηση του ανθρώπινου δυναμικού και λειτουργικές συνόψεις για τη διερεύνηση πιθανών αναδιαρθρώσεών τους.

Γ. Καταρτίζει πρότυπα περιγράμματα θέσεων εργασίας με βάση την τυποποίηση των φορέων, με στόχο αφ΄ενός τη διασφάλιση ομοιομορφίας, αφ΄ ετέρου δε την ευελιξία λειτουργίας τους.

Δ. Υποστηρίζει τους αρμόδιους φορείς σε εξειδικευμένα θέματα σχεδιασμού και αποτελεσματικής εφαρμογής διαδικασιών και αναλαμβάνει την εκπόνηση εκθέσεων για λογαριασμό υπηρεσιών του Υπουργείου Ανάπτυξης και Επενδύσεων (Εθνική Αρχή Συντονισμού / Ειδικές Υπηρεσίες), μεταξύ αυτών τις ετήσιες εκθέσεις υλοποίησης και τις ετήσιες εκθέσεις παρακολούθησης στρατηγικής περιβαλλοντικής εκτίμησης των ΠΕΠ. 

Ε. Αναπτύσσει εξειδικευμένα εργαλεία και οδηγούς για να υποβοηθήσει τις διοικητικές και οργανωτικές λειτουργίες και διαδικασίες των Ειδικών Υπηρεσιών, των Ενδιάμεσων Φορέων Διαχείρισης (ΕΦΔ) και των Δικαιούχων. Τέτοια εργαλεία είναι:

• Οδηγοί Διαδικασιών Ωρίμανσης τεχνικών έργων (για 9 κατηγορίες έργων)
• Εγχειρίδια και Οδηγοί Τήρησης Φακέλου Πράξης για έργα Κρατικών Ενισχύσεων και έργα Δημοσίων Συμβάσεων, Αυτεπιστασίας, Απαλλοτριώσεων
• Εγχειρίδια Διαχειριστικής Επάρκειας Δικαιούχων (Ειδική Υπηρεσία Συντονισμού & Εφαρμογής στους τομείς της Ενέργειας, του Φυσικού Πλούτου και της Κλιματικής Αλλαγής - ΕΥΣΕΔ ΕΝΚΑ, Υπουργείο Εθνικής Άμυνας, Κέντρο Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας - ΚΑΠΕ)
• Εγχειρίδια διαχείρισης ποιότητας κατά ISO για Διαχειριστικές Αρχές και Ενδιάμεσους Φορείς Διαχείρισης (πρόταση κανονισμού λειτουργίας Διαχειριστικών Αρχών, ΕΥΣΕΔ / ΕΝΚΑ, ΟΑΕΔ)
• Κανονισμοί λειτουργίας (ΚΑΠΕ, Ελληνικός Οργανισμός Ανακύκλωσης - ΕΟΑΝ)
• Εγχειρίδιο διαδικασιών διοικητικών - επιτόπιων ελέγχων (ΕΟΑΝ, στο πλαίσιο της λειτουργίας του ως δικαιούχου του ΕΣΠΑ).        

Στο πλαίσιο των παραπάνω δραστηριοτήτων της η ΜΟΔ συμμετέχει σε Ομάδες Εργασίας μεταξύ των οποίων:

• Ομάδα Έργου για τις ενέργειες απλοποίησης του Συστήματος Διαχείρισης και Ελέγχου (ΣΔΕ) και την επιτάχυνση της υλοποίησης του ΕΣΠΑ
• Ομάδες Εργασίας της Ειδικής Υπηρεσίας Θεσμικής Υποστήριξης και των συναρμόδιων Υπουργείων για τη διατύπωση προτάσεων για την απλοποίηση των διαδικασιών υλοποίησης των συγχρηματοδοτούμενων έργων
• Ομάδα Έργου του Υπουργείου Ανάπτυξης και Επενδύσεων για την ανάπτυξη και υποστήριξη της λειτουργίας της Επιχειρησιακής Πλατφόρμας (portal ΔΙΑΥΛΟΣ) για τις δομές των συγχρηματοδοτούμενων έργων, η οποία αποτελεί το διυπηρεσιακό σύστημα επικοινωνίας μεταξύ υπηρεσιών / δομών των συγχρηματοδοτούμενων έργων για τη μεταξύ τους διαβούλευση και την έγκαιρη διάχυση της πληροφόρησης προς όλους τους φορείς που εμπλέκονται στη διαχείριση, έλεγχο και υλοποίηση συγχρηματοδοτούμενων έργων.