Το σύστημα επιλογής και πρόσληψης των στελεχών που εφαρμόζεται για τη στελέχωση της Κεντρικής Υπηρεσίας και των Ειδικών Υπηρεσιών περιλαμβάνει την ακόλουθη διαδικασία και φάσεις:
- Διερεύνηση αναγκών των Ειδικών Υπηρεσιών σε στελεχιακό δυναμικό επιστημονικού επιπέδου (Πανεπιστημιακής και Τεχνολογικής Εκπαίδευσης) – περιγραφές και προδιαγραφές θέσεων εργασίας
- Δημοσιοποίηση της προκήρυξης στον πανελλαδικό και περιφερειακό τύπο και στο δικτυακό τόπο της ΜΟΔ
- Έλεγχο πληρότητας και τυπικών προσόντων των φακέλων υποψηφιότητας
- Διενέργεια γραπτού διαγωνισμού
- Αξιολόγηση τυπικών, ουσιαστικών και πρόσθετων προσόντων των επιτυχόντων στις εξετάσεις υποψηφίων με τη διενέργεια προσωπικών συνεντεύξεων
Θεσμικά η διαδικασία επιλογής και πρόσληψης στελεχών πλαισιώνεται από:
- την Επιτροπή Διαγωνισμού της ΜΟΔ, η οποία φέρει τη συνολική ευθύνη για τη διεξαγωγή της διαδικασίας επιλογής
- την Επιτροπή Εξετάσεων, αποτελούμενη από καθηγητές Πανεπιστημίου, η οποία φέρει την επιστημονική ευθύνη για τη διεξαγωγή των γραπτών εξετάσεων με αδιάβλητο και έγκυρο τρόπο.
Η διαδικασία προσλήψεων από τον ιδιωτικό τομέα μέσω δημόσιας πρόσκλησης ενδιαφέροντος της ΜΟΔ έχει καταστεί ανενεργή με τον Ν. 3812/2009. Κατά συνέπεια, δυνατότητα εισροών προσωπικού στις ΕΥ για την κάλυψη των εκάστοτε κενών υπάρχει μόνο από τον δημόσιο και ευρύτερο δημόσιο τομέα ή από τις ίδιες τις Ειδικές Υπηρεσίες του συστήματος δομών του ΕΣΠΑ.