Η ΜΟΔ υποστηρίζει την προώθηση των διοικητικών, οργανωτικών και διαδικαστικών μεταρρυθμίσεων στο σύστημα διαχείρισης και εφαρμογής των συγχρηματοδοτούμενων αναπτυξιακών παρεμβάσεων. Για τον σκοπό αυτό σχεδιάζει και αναπτύσσει

• οργανωτικά συστήματα
• εργαλεία και εγχειρίδια που επικεντρώνονται στην υποβοήθηση των Ειδικών Υπηρεσιών και των Δικαιούχων στις λειτουργικές τους διαδικασίες
• εργαλεία που απευθύνονται στο ευρύτερο κοινό (π.χ. Ευρετήριο Όρων, διαδικτυακά συστήματα πληροφόρησης και υποβολής προτάσεων).

Τα εργαλεία της ΜΟΔ διακρίνονται σε:

1. Οδηγούς, στους οποίους παρουσιάζονται αναλυτικά οι διαδικασίες ωρίμανσης για τις κυριότερες κατηγορίες δημοσίων έργων υποδομής, συντέλεσης απαλλοτριώσεων, αρχαιολογικές αδειοδοτήσεις, ηλεκτροπαραγωγής από ανανεώσιμες πηγές ενέργειας, κ.α.
2. Εγχειρίδια, τα οποία
• περιγράφουν λεπτομερώς και κωδικοποιούν τα βήματα των βασικών λειτουργιών και διοικητικών διαδικασιών φορέων και υπηρεσιών
• αποτελούν διαχειριστικά εργαλεία, δηλαδή οργανωτικές μελέτες σχετικά με την περιγραφή των συστημάτων, τη δημιουργία νέων φορέων, την ανάλυση λειτουργιών
• καλύπτουν τις απαιτήσεις διαχειριστικής επάρκειας Δικαιούχων και διαχείρισης ποιότητας κατά ISO
3. Πληροφοριακά έντυπα για τη ΜΟΔ και τα συγχρηματοδοτούμενα αναπτυξιακά προγράμματα
4. Ευρετήρια όρων.

Όλα τα παραπάνω εργαλεία, καθώς και η βασική νομοθεσία (εθνική και κοινοτική) σχετικά με τα συγχρηματοδοτούμενα από την ΕΕ προγράμματα βρίσκονται αναρτημένα και στην ηλεκτρονική βιβλιοθήκη του ιστοχώρου.