Η Κεντρική Υπηρεσία της ΜΟΔ εδρεύει στην Αθήνα και αποτελείται από τις παρακάτω υπηρεσίες:

• Διεύθυνση Τεχνικής Υπηρεσίας (ΔΤΥ)
• Τμήμα Εκτέλεσης Τεχνικών Έργων
• Τμήμα Μελετών Τεχνικών Έργων
• Τομέας Διαχειριστικών & Υποστηρικτικών Υπηρεσιών (ΤΔΥΥ)
• Τομέας Υπηρεσιών Διοίκησης / Ανάπτυξης Ανθρώπινου Δυναμικού (ΤΥΔΑΑΔ)
• Τομέας Υπηρεσιών Σχεδιασμού και Οργάνωσης (ΤΥΣΟ)
• Τομέας Εφαρμογών Πληροφορικής και Ψηφιακής  Τεχνολογίας (ΤΕΠΨΤ)
• Τομέας Οικονομικών και Διοικητικών Υπηρεσιών (ΤΟΔΥ) που  περιλαμβάνει:
• Τμήμα Οικονομικού
• Τμήμα Διοικητικού
• Τμήμα Τεχνικής Βοήθειας
• Τμήμα Υποστήριξης Προγραμματισμού & Επικοινωνίας (ΤΥΠΕ)
• Υπεύθυνος Διαχείρισης Ποιότητας
• Γραμματεία Διοίκησης