Η  ΜΟΔ την προγραμματική περίοδο 2007 - 2013:

1. Αξιολογεί τις ανάγκες στελέχωσης των Ειδικών Υπηρεσιών  και τις υποστηρίζει με στελεχιακό δυναμικό και διοικητική τεχνογνωσία. 
2. Εκπαιδεύει και καταρτίζει τα στελέχη των Ειδικών Υπηρεσιών και των Δικαιούχων χρησιμοποιώντας και συστήματα εξ αποστάσεως εκπαίδευσης
3. Δημιουργεί συστήματα οργάνωσης και ειδικά εργαλεία για να υποστηρίξει το σχεδιασμό, τη διαχείριση, τον έλεγχο και την υλοποίηση των επιχειρησιακών προγραμμάτων
4. Υποστηρίζει τους Δικαιούχους των προγραμμάτων στην ωρίμανση και υλοποίηση έργων που έχουν αναλάβει.
5. Υποστηρίζει το Υπουργείο Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας και τις αρμόδιες υπηρεσίες στην αξιολόγηση της διαχειριστικής ικανότητας / οργάνωσης των φορέων διαχείρισης και υλοποίησης των επιχειρησιακών προγραμμάτων
6. Μεταφέρει τεχνογνωσία σε φορείς που διαχειρίζονται συγχρηματοδοτούμενα έργα και προγράμματα στην Ελλάδα όσο και σε φορείς που δραστηριοποιούνται σε άλλα κράτη – μέλη της Ευρωπαϊκής  Ένωσης. Μεριμνά επίσης για την ενημέρωση των πολιτών αξιοποιώντας και  τις δυνατότητες της ηλεκτρονικής πληροφόρησης
7. Καλύπτει τις ανάγκες στέγασης και υλικοτεχνικής υποδομής των Ειδικών Υπηρεσιών
8. Παρέχει τον ηλεκτρονικό εξοπλισμό και τα πληροφοριακά συστημάτων των Ειδικών Υπηρεσιών και μεριμνά για την ηλεκτρονική δικτύωσή τους με στόχο καλύτερη και ταχύτερη ενημέρωση
9. Είναι Ενδιάμεσος Φορέας Διαχείρισης (ΕΦΔ) συγχρηματοδοτούμενων έργων στο πλαίσιο του ΕΠ "Τεχνική Υποστήριξη Εφαρμογής".