Η ΜΟΔ διοικείται από 9μελές  Διοικητικό Συμβούλιο τριετούς θητείας.

Ανώτατο εκτελεστικό όργανο της Εταιρείας  είναι ο Γενικός Διευθυντής.

Η ΜΟΔ συγκροτείται από:

Α) την Κεντρική Υπηρεσία που περιλαμβάνει τους εξής Τομείς και Τμήματα:

• Τομέας Διαχειριστικών & Υποστηρικτικών Υπηρεσιών
• Τομέας Υπηρεσιών Σχεδιασμού και Οργάνωσης
• Τομέας Εφαρμογών Πληροφορικής και Ψηφιακής  Τεχνολογίας
• Τομέας Υπηρεσιών Διοίκησης / Ανάπτυξης Ανθρώπινου Δυναμικού
• Τομέας Οικονομικών και Διοικητικών Υπηρεσιών που  περιλαμβάνει:
  - Τμήμα  Διοικητικού
  - Τμήμα Οικονομικού
  - Τμήμα Τεχνικής Βοήθειας
• Τμήμα  Υποστήριξης Προγραμματισμού & Επικοινωνίας

B) τις Ομάδες Υποστήριξης Τελικών Δικαιούχων, οι οποίες συγκροτούνται για την παροχή συμβουλευτικής, διαχειριστικής και τεχνικής υποστήριξης σε φορείς που διαχειρίζονται και υλοποιούν έργα συγχρηματοδοτούμενα από την Ευρωπαϊκή Ένωση. Σε ειδικές και επαρκώς αιτιολογημένες περιπτώσεις, διατίθενται σε κεντρικούς φορείς μεμονωμένα στελέχη  που παρέχουν τεχνική υποστήριξη για την υλοποίηση σχετικών έργων.